Theo dự thảo thông tư, việc kiểm tra hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, quá cảnh thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trên cơ sở kết quả phân tích thông tin, đánh giá quá trình chấp hành pháp luật của người khai hải quan, người nộp thuế và có ưu tiên đối với chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan.

Qua số liệu thống kê của Hải quan cho thấy, tỉ lệ kiểm tra thực tế hàng hóa xuất nhập khẩu ở VN vẫn cao hơn rất nhiều so với các nước trong khu vực

Những trường hợp đã nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan, đã ba lần bị xử lý vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế, gian lận thuế hoặc vi phạm các quy định về quản lý xuất nhập khẩu thì phải kiểm tra toàn bộ lô hàng.