Trong thời gian dài, công tác quản lý bảo vệ rừng quá buông lỏng, nội bộ mất đoàn kết, bưng bít thông tin về sự xâm hại tài nguyên rừng, lâm tặc thường xuyên hoành hành khai thác gỗ quý và săn bắn động vật hoang dã, đã làm giảm số lượng đáng kể. Đàn voi đã di chuyển khỏi vùng này, bò tót và bò rừng là những loại được ghi trong sách đỏ thế giới, không còn được phát hiện ở tại nơi đây. Các loại động vật quý như hổ báo cũng ít xuất hiện và hươu đầm lầy cũng biến mất.
Từ năm 2005 trở về trước, trong tháng 5-6 dương lịch là đầu mùa mưa, cỏ non vừa mới mọc, nhiều người dân sinh sống gần vùng đệm khu bảo tồn vẫn thường phát hiện bò rừng, bò tót kiếm ăn tại khu vực đồng cỏ với số lượng đàn vài con, có khi phát hiện cả chục con. Do lơi lỏng quản lý, Khu bảo tồn thiên nhiên Ea Sô thường xuyên bị xâm hại, đàn động vật hoang dã bị săn bắn quá nhiều. Riêng bò rừng và bò tót là đối tượng bị tàn sát quá mức.
Riêng năm 2006, tại khu đồng cỏ vùng phía đông nam khu bảo tồn giáp ranh với xã Chư Prao (huyện M’Đrắc) đã có tới chục con bò tót, bò rừng bị nhóm lâm tặc ở xã Krông Zin và thị trấn M’Đrắc (huyện M’Đrắc) sát hại. Trong đó, có đêm lâm tặc bắn chết một lúc 2 con bò rừng. Từ giữa năm 2007 đến nay, nhiều người dân của xã Ea Tam (huyện Krông Năng) nơi giáp ranh với khu bảo tồn vẫn thường xuyên vào rừng cài đặt bẫy bắt lợn rừng, nai, chồn hương, thỏ... để cung cấp thực phẩm cho nhà hàng đặc sản.
Với tình trạng bò tót, bò rừng và các loại động vật hoang dã quý bị săn bắn quá nhiều, việc quản lý bảo vệ rừng đang bị xem nhẹ, thì e rằng, không lâu nữa khu bảo tồn này bị xóa sổ và lại cùng chung số phận với những khu rừng đặc dụng ở Đắk Lắk trước đây.
TTXVN